Departamento de Atención y Protección a Migrantes
Es la dependencia responsable de realizar las actividades administrativas y operativas en apoyo a la Subdirección, orientando el funcionamiento de las dependencias hacia el marco de la atención y protección de los migrantes y sus derechos fundamentales de acuerdo a la normativa vigente.

Centros de Recepción de Personas Migrantes Retornadas
Es un espacio físico habilitado por el Instituto Guatemalteco de Migración, concebido para el desarrollo de acciones integrales en el proceso de retorno de personas migrantes desde el extranjero. Su naturaleza es dual, articulando funciones de control migratorio conforme al marco legal nacional e internacional vigente, junto con acciones de atención humanitaria, protección y orientación dirigidas a salvaguardar los derechos, la dignidad y el bienestar de las personas retornadas.

Centro de Atención y Registro de Personas Guatemaltecas Migrantes Retornadas -CAR-
Tiene como objetivo facilitar la prestación de programas y servicios, implementar acciones interinstitucionales e intersectoriales para identificar sus áreas de oportunidad, con la finalidad de conocer las necesidades y experiencia migratoria de las personas guatemaltecas migrantes retornadas, brindando atención integral y diferenciada. Se constituye además como el espacio para ofrecer oportunidades laborales, de capacitación, certificación, acceso a la salud, educación, atención psicosocial y alimentación.

Unidad de Atención y Protección a la Niñez y Adolescencia
Es la responsable de realizar las actividades administrativas en apoyo al Departamento de Atención y Protección al Migrante, cuyo principal objetivo es garantizar la atención, asistencia, protección y el respeto a los derechos humanos de niños, niñas y adolescentes migrantes, funciones que serán ejecutadas a través de los Oficiales de Protección de la Infancia -OPI-.
Unidad de Atención y Reintegración de Migrantes Retornados
Es la responsable de implementar las acciones en apoyo al Departamento de Atención y Protección al Migrante, orientando el funcionamiento a la promoción y gestión de programas, planes y proyectos que permitan la reintegración de la población migrante retornada; y la implementación del Plan Retorno al Hogar.